1990년 ~ 2003년 작물시험장 시대 1991년 1991. 11 맥류연구소 폐지 1994년 1994. 12 작물시험장 전작 1,2과 -> 전작과, 특용작물과 + 약용작물과 -> 특용작물과 호남작물시험장 -> 호남농업시험장, 영남작물시험장 -> 영남농업시험장, 목포지장 -> 호남농업시험장 목포시험장 원예시험장 부산지장 -> 영남농업시험장 부산원예시험장 1995년 1995. 05 작물시험장 남양, 진부출장소 폐지 호남농업시험장 운봉출장소 폐지 고령지 농업시험장 감자과 -> 작물과 2002년 2002. 02 작물시험장 작물환경과 -> 환경생명공학과 신설 작물시험장 수도육종과 -> 벼유전육종과 개명 작물시험장 수도재배과 -> 벼재배생리과 개명 1990년대 양질 다수성 일품벼(1990) 승용이앙기 보급(1990) 메주 및 두부용 만리콩(1991) 어린모 공동 육묘장(1992) 콤바인 이용 벼 수확(1992) 조숙 찰성 대립 새찰쌀보리(1994) 자색 고구마 자미(1998) 콩 자동탈곡기 이용 수확(1998) 인공기상연구동 준공식(1998) 바이러스 없는 씨감자(1998) 범용 콤바인 이용 논보리 수확(1999) 감자 굴취기 이용 수확(1999) 2000년 ~ 2003년 아프리카 개도국 벼 생산기술 연수(2000) 사료용 옥수수 광평옥(2000) 양조용 벼 설갱(2001) 장류 및 두부용 대풍콩(2002) 벼 병해충 항공방제(2003) 녹비작물 이용 친환경 농업(2003)